МБОУ "СОШ №3" введена в строй 01 сентября 1964 года.
Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение "Средняя общеобразовательная школа №3 с углубленным изучением отдельных предметов" - одно из наиболее развитых в городе. Школа всегда славилась своими выпускниками, награждёнными золотыми и серебряными медалями; учениками, побеждавшими в олимпиадах и конкурсах; учителями, воспитавшими не одно поколение добропорядочных граждан; красочными и интересными мероприятиями, в которых участвует весь школьный коллектив.
В 2021 году МБОУ «Средняя общеобразовательная школа №3 с углубленным изучением отдельных предметов» Алексеевского городского округа (директор Битюцкая Алевтина Анатольевна) занесена на Доску Почета Алексеевского городского округа в номинации «Лучшее образовательное учреждение» за достигнутые успехи в развитии образования Алексеевского городского округа.